Pourtant un homme parvient à lui seul à redonner  l'abbaye son éclat antérieur: Robert de Thorigny, élu abbé en 1154. Diplomate il parvient à réconcilier le roi de France avec le duc de Normandie. Erudit, il acquiert un nombre important de livres ( les livres à cette époque ont beaucoup de valeur) et en écrit quelques-uns. Bâtisseur, il fait construire plusieurs bâtiments dont une plus vaste aumônerie pour accueillir plus de pèlerins. A sa mort l'abbé Robert de Thorigny laisse une abbaye plus puissante, plus riche et totalement revitalisée au niveau spirituel. Dès le début du XIIIème siècle, le duc de Normandie et le roi de France entrent en guerre. Les Bretons alliés pour l'occasion au roi de France montent une armée et machent vers le Mont qu'ils enflamment. En 1204 la Normandie est rattachée au royaume de France.

L'abbaye qui menace ruine de toute part est classée au registre des monuments historiques en 1874. Les moines sont de nouveau expulsés, mais cette fois pour une cause juste. L'architecte Edouard Corroyer est nommé pour entreprendre les travaux de restauration. C'est sa servante Annette Poulard qui est à l'origine de la fameuse omelette toujours très prisée aujourd'hui. Les travaux de restaurations donnent au Mont Saint-Michel son apparence actuelle quand en 1898 la flèche est achevée. Lors de la célébration du millénaire du Mont en 1966, des moines ont formé une petite communauté. Installés dans les logis abbatiaux, ils demeurent depuis à l'année sur l'îlot. La ville quant à elle accueille un flot constant de visiteurs, 3 millions par an, et c'est aussi un peu grâce à cela que le Mont saint-Michel est aujourd'hui ce qu'il est.

Le roi de France Philippe-Auguste, pour dédommager le monastère du préjudice causé par les Bretons alloue une forte somme d'argent à l'abbaye. Cet argent est immédiatement investi dans la construction de la Merveille. La construction de ce bâtiment sur un terrain aussi peu propice (le terrain est en pente) est un véritable tour de force. En 1228 le cloître, sommet de l'édifice, est achevé. Très peu d'évènements viendront marquer le reste du XIIIème siècle, les abbés se succèdent, tous apportent leur marque dans la construction du Mont: pour remplacer l'ancienne palissade en bois, des tours et des remparts sont construits, les logis abbatiaux sont également bâtis durant cette période. Au début du XIVème siècle commence la guerre dite de Cent Ans. L'abbaye perd la totalité de ses revenus provenant de ses prieurés Anglais. En 1356, les Anglais s'emparent de Tombelaine et prennent pour cible le Mont Saint-Michel. Le chevalier Du Guesclin est nommé chef de la garnison du Mont. A la tête de ses troupes il remporte victoire sur victoire et éloigne pour plusieurs années la menace Anglaise. Pierre le Roy est élu abbé en 1386, conscient du danger que représentent les Anglais, il décide de construire de nouvelles défenses pour l'entrée de l'abbaye. La tour Perrine, la tour des Corbins et plus particulièrement le Châtelet donne à l'entrée du monastère une défense infranchissable. Les Anglais après une période de répit reprennent l'offensive et, après la défaite du roi de France à Azincourt, plus rien ne semble pouvoir les arrêter. Robert Jolivet le nouvel abbé, organise, grâce à de nombreux impôts, la construction des remparts afin de protéger la ville qui devient elle-même une protection pour l'abbaye.