Comme nous venons de le voir Louis XI institua l'ordre des Chevaliers de Saint-Michel ! Ce roi très pieux se rendit quatre fois au Mont. Lors de son dernier passage, il demanda l'installation de la cage de fer. Le Mont Saint-Michel devient ainsi une prison. A partir de 1523, les moines n'élisent plus leur chef. C'est le roi en personne qui désigne le nouvel abbé: cela s'appelle la commende. Généralement, cet abbé n'est pas un ecclésiastique, et il se fait souvent nommer pour profiter des revenus de l'abbaye. Les moines, à partir de cette date ne trouvent plus de motivation dans leur vie spirituelle et bien que les pèlerins soient toujours aussi nombreux ils délaissent l'abbaye. Les moines qui furent jusqu'à soixante sous la prélature de Robert de Thorigny ne sont plus que treize en 1580. En 1591, la menace effrayante de la guerre de religion se rapproche du Mont Saint-Michel. Les protestants veulent prendre l'abbaye. Sous les ordres de Montgomery, un groupe d'hommes se rapproche de nuit, jusqu'au pied de l'abbaye. Là, pensant obtenir l'aide d'un soldat ennemi acheté quelques jours auparavant, ils attendent que celui-ci les hissent à l'intérieur de l'édifice. Et, de fait, les protestants se retrouvent bientôt à plus de quatre-vingts dans le monastère. Montgomery, étonné de n'entendre aucun bruit de bataille à l'intérieur demande à l'un de ses plus fidèles soldats de monter. Arrivé dans le cellier, ne voyant aucun des siens, il comprend le stratagème et hurle pour prévenir son chef "Trahison, Trahison!" Entendant cela les protestants s'enfuirent laissant derrière eux quatre-vingt-dix- huit des leurs.

En 1594, la foudre tombe de nouveau sur le clocher de l'abbaye. La flèche est complètement détruite et une partie de la charpente de l'église est réduite en cendres. L'abbé refuse de faire entreprendre les réparations, ce n'est que quinze ans plus tard que clocher est reconstruit. Les abbés qui se désintéressent de leur abbaye, les pèlerins qui viennent moins nombreux, et la lassitude des moines sont les causes d'un grand bouleversement au Mont. En 1622, les moines sont remplacés par neuf moines Bénédictins de la Congrégation de Saint-Maur (des Mauristes). Ces religieux, sont extrêmement cultivés. Désirant faire partager leur savoir, ils ouvrent une école où une dizaine d'élèves suivent des cours. Malheureusement les Mauristes sont de piètres bâtisseurs. Au lieu de réparer les trois travées de la nef de l'église qui menaçaient de s'effondrer, ils les démolissent. A la place du trou laissé ils construisent une façade d'un style plutôt laid.

L'élan apporté par les Mauristes sera de courte durée car le système de la commende ruine l'abbaye. Les revenus du monastère s'effondrent et les moines s'endettent. La précarité de l'abbaye est grande, la Révolution achève sa ruine. En 1790, les moines sont chassés de l'abbaye. Tous les biens sont vendus en 1792. Avec la Révolution, le Mont Saint-Michel devient une véritable prison. A partir de 1792, trois cents prêtres sont enfermés dans les murs de l'abbaye. Ils seront libérés en 1799. A leurs suites seront internés des forçats. Toutes les salles de l'abbaye sont transformées en ateliers. Les prisonniers seront jusqu'à sept cents à travailler dans ces pièces, aussi pour augmenter la surface utilisable, un plancher sépare l'église abbatiale. L'administration pénitentiaire délaisse totalement l'entretien des bâtiments et en 1817, l'ancienne hôtellerie, bâtie durant le règne de Robert de Thorigny, s'effondre.

En 1834, un incendie se déclare dans l'église abbatiale transformée en atelier à chapeaux. La toiture est détruite et les travaux de réparations sont trop modestes par rapport à l'ampleur des dégâts. Chaque jour l'abbaye s'enlaidit un peu plus. Heureusement des hommes célèbres, principalement des écrivains (Hugo, Flaubert... ), affligés par un tel désastre, font pression sur le gouvernement. Enfin, en 1863 la prison est supprimer. L'abbaye est louée à l'évêque de Coutances. Des moines habitent de nouveau l'abbaye. Les pèlerins reviennent animer le Mont Saint-Michel. Les hôtels, restaurants et magasins de souvenirs ouvrent de nouveau leurs portes à des visiteurs de plus en plus nombreux.