Une seconde fois l'archange lui apparaît, et Aubert doute toujours. Mais à la troisième apparition de l'archange plus aucun doute ne subsiste à l'esprit de l'évêque, car Saint-Michel, furieux de ne point avoir été écouté laisse à Aubert une preuve de son pouvoir: dans le crâne de l'évêque apparaît un trou circulaire. Mais l'évêque ne doit pas trop en souffrir car il ne mourra que des années plus tard. Aujourd'hui le crâne d'Aubert est conservé dans la basilique d'Avranches. Cette histoire est-elle vrai ou fausse? Personne ne peut apporter la preuve qui fera pencher la balance d'un côté ou de l'autre. Quoi qu'il en soit, l'évêque certain que ces visions n'étaient point à mettre sur le compte de la folie, entreprend les travaux commandés par l'archange. Il fait construire un petit oratoire en forme de grotte pouvant contenir une centaine de personnes. Il ne reste rien de cette construction sauf un mur visible dans l'une des salles de l'abbaye (Notre Dame sous terre). En 709, construction d'une petite église par Aubert.

Pendant deux siècles des chanoines accueilleront les pèlerins mais au fil du temps ils délaisseront leur mission. Las de cette chose le duc de Normandie, Richard 1er, décide de remplacer les chanoines par des moines bénédictins venus de l'abbaye de Saint-Banderille. Cela se passe en 966, c'est cette année qui est retenue comme celle de la fondation de l'abbaye. Les bénédictins sont de grands bâtisseurs. Ils font construire une église et quelques bâtiments. Les pèlerins affluent de plus en plus nombreux et la renommée du Mont Saint-Michel ne tarde à être connue de par tout le royaume. Par temps de brouillard, de nombreux pèlerins se perdent sur les grèves et périssent noyés. De plus, les lises, sortes de sables mouvants, ensevelissent les imprudents qui s'aventurent dans la baie sans l'aide d'un guide. Au pied de l'abbaye, une petite ville se construit. Les maisons pour la plupart en bois servent à accueillir les pèlerins. Dès le début du millénaire le métier d'hôtelier existe donc déjà au Mont Saint-Michel. Au sommet du rocher, les moines quant à eux ne perdent pas leur temps, grâce à de nombreux dons, ils bâtissent une vaste église et plusieurs bâtiments annexes: un réfectoire (lieu où les moines prennent leurs repas), un dortoir (lieu où ils dorment), une salle de travail, un promenoir (lieu de détente), une aumônerie (lieu où les pauvres sont reçus et reçoivent l'aumône qui consiste souvent en un léger repas). Quand le duc de Normandie Guillaume le Conquérant décide d'envahir l'Angleterre, il demande son aide à l'abbé du Mont. Celui-ci fait armer quatre bateaux. Après la victoire d'Hastings, Guillaume en signe de reconnaissance fera don de plusieurs territoires Anglais à l'abbaye. En un siècle l'abbaye s'est considérablement enrichie et agrandie. Mais en ce début de XIIème siècles, les malheurs vont se succéder. En 1103 le côté nord de la nef de l'église s'effondre. Dix ans plus tard un incendie se déclare dans une maison de la ville. Le feu se propage de maison en maison et finit par atteindre l'abbaye. Moins de vingt ans après cette catastrophe un nouvel incendie enflamme de nouveau l'abbaye. Cette fois s'en est trop pour les moines qui se relâchent et ne font plus sérieusement leur office.

En 1834, un incendie se déclare dans l'église abbatiale transformée en atelier à chapeaux. La toiture est détruite et les travaux de réparations sont trop modestes par rapport à l'ampleur des dégâts. Chaque jour l'abbaye s'enlaidit un peu plus. Heureusement des hommes célèbres, principalement des écrivains (Hugo, Flaubert... ), affligés par un tel désastre, font pression sur le gouvernement. Enfin, en 1863 la prison est supprimer. L'abbaye est louée à l'évêque de Coutances. Des moines habitent de nouveau l'abbaye. Les pèlerins reviennent animer le Mont Saint-Michel. Les hôtels, restaurants et magasins de souvenirs ouvrent de nouveau leurs portes à des visiteurs de plus en plus nombreux.

L'histoire du Mont Saint-Michel commence par une légende elle même étroitement liée à celle du Monte Gargano, dans les Pouilles (Italie) :

Au début du VIIIème siècle, en 708, Aubert, évêque d'Avranches, suite à une apparition de l'archange Saint-Michel reçoit l'ordre de construire un édifice dans lequel seraient loués les mérites de l'archange. Le pauvre évêque croyant follir n'ose rien faire et décide d'attendre.